1860 litt Elisabeth unter starkem Husten. Den offiziellen Vorwand für die erneute Reise der Kaiserin, die Diagnose einer Lungenkrankheit und die Empfehlung einer Kur auf Madeira, nutzte sie zum Ausbruch aus dem Hofleben und zur ersten ihrer Auslandsreisen, die sie allein unternahm. Kaum in Wien zurück erlitt sie einen schweren Rückfall. Die Ärzte vermuteten "Lungenschwindsucht". Dieses Mal fuhr die Kaiserin nach Korfu im Ionischen Meer. Die Insel gefiel ihr sehr, und später, zwischen 1889 und 1891, ließ sie dort ihr griechisches Schloss im pompejischen Stil erbauen, das Achilleion.

Die "Flucht" vor dem Wiener Hof 1860/61 war der Anfang einer Odyssee, die sie bis zu ihrem Tod fortführen sollte. Neben Europa bereiste sie Kleinasien und Nordafrika, ab 1867 besonders häufig Ungarn, ihre Lieblingsinsel Korfu und Großbritannien. Sie reiste 1885 auch in das Osmanische Reich, um dort die von Schliemann entdeckten Reste des antiken Troja zu sehen. Als Elisabeth nach fast zweijähriger Abwesenheit an den Wiener Hof zurückkehrte, war sie von einer als schüchtern und blass geltenden jungen Frau zu einer selbstbewussteren Monarchin geworden, die ihre Anmut durch Haltung in Szene setzte und Forderungen stellte. In dieser Zeit entstanden die Porträts von Franz Xaver Winterhalter. Das als am bekanntesten geltende ist das Gemälde aus dem Jahr 1865, das Elisabeth in Hofgala mit Diamantsternen im Haar vom Hofjuwelier A. E. Köchert zeigt. Dennoch fühlte sich Elisabeth nie wohl bei Hofe in Wien und nutzte jede Gelegenheit, um der Etikette auszuweichen. Mit den Jahren war sie zunehmend abwesend. Die Zeitgenossin Fürstin Nora Fugger beschrieb die Kaiserin in ihrer Biographie: Die Repräsentationspflichten lasteten schwer auf der Kaiserin, die Diamantkrone drückte ihr Haupt. Jede prunkvolle Veranstaltung, jedes Hoffest war ihr ein Greuel. Es war auch immer etwas Gezwungenes in ihrem Wesen, wenn sie an den Hoffestlichkeiten teilnahm. [...] Die Kaiserin entzog sich immer mehr der Gesellschaft, auch den Blicken des Volkes.

Franz Joseph hatte sich längst an die Abwesenheit seiner Frau gewöhnt. Um seine Einsamkeit zu lindern, arrangierte die Kaiserin 1885 die Bekanntschaft ihres Mannes mit der Schauspielerin Katharina Schratt. Schratt wurde fortan Ansprechpartnerin und Vertrauensperson des Kaisers. Diese Freundschaft wurde durch die Kaiserin vor jedem Skandal bewahrt und ausdrücklich gefördert. Auch nach Elisabeths Tod blieb die Freundschaft des Kaisers zu Katharina Schratt aufrechterhalten, jedoch wurde sie nie wieder so intensiv, wie sie zu Elisabeths Lebzeiten gewesen war, die diese Beziehung überwacht hatte. Kaiser Franz Joseph genoss jeden seltenen Besuch Elisabeths bei Hof und blieb ihr zeitlebens mit großzügiger Nachsicht ergeben. Während sie durch Europa reiste, entstand zwischen dem Kaiserpaar ein umfangreicher Briefwechsel, der teilweise erhalten ist. Seitens des Kaisers wird vor allem seine Sorge um Gesundheit und Sicherheit Elisabeths deutlich. Er, der Schifffahrten nicht mochte, besuchte sie nie in ihrem Palast, dem Achilleion, sondern reiste meist in Zivil nach Cap Martin, einen der liebsten Aufenthaltsorte Elisabeths an der französischen Riviera. Gräfin Irma Sztáray berichtet vom harmonischen Beisammensein der Majestäten, von zahlreichen Ausflügen, Frühstücksessen in Hotels sowie einem Besuch Kaiser Franz Josephs im Casino von Monte Carlo.

In Abwesenheit des Kaisers setzte Kaiserin Elisabeth ihr gewohntes Leben fort: Stundenlange Gewaltmärsche in den abgelegensten Gegenden und tagelange Schifffahrten auf ihrer Jacht quer durch das Mittelmeer - selbst bei stürmischem Wetter. Dabei leisteten ihr vor allem ihre Hofdamen und griechischen Vorleser Gesellschaft, die sie mit Werken antiker Schriftsteller sowie französisch- und englischsprachiger Literatur unterhielten. Elisabeth nahm das Studium des Alt- und Neugriechischen sehr ernst und sprach Zeitgenossen zufolge besser Griechisch als alle deutschen Königinnen von Griechenland. Sie übersetzte unter anderem Theaterstücke wie jene von Shakespeare ins Neugriechische. Griechenland wurde laut Aussagen ihres Vorlesers Constantin Christomanos zur "Heimat ihrer Seele". 1888 ließ sie sich einen Anker auf ihre Schulter tätowieren.