Alexander ließ Dareios mitteilen, er, Alexander, werde sich nehmen, was er wollte; wenn Dareios etwas von ihm erbitten wolle, solle er zu ihm kommen. Mit dem Fall von Tyros waren die Heimathäfen aller persischen Schiffe in makedonischer Hand. Die Hafenstädte riefen die Schiffe zurück und beraubten die Perser damit ihrer Flotte. Vom Meer her drohte Alexander keine Gefahr mehr. Mit dem Antwortschreiben an Dareios wurde jedoch auch dem letzten altmakedonisch gesinnten Offizier klar, dass die Eroberung des östlichen Mittelmeerraums nur eine Etappe für Alexander war: Er wollte an das Erbe der Achaimeniden anknüpfen und das gesamte Perserreich erobern - und eben nicht nur einen Teil. Man mag sich freilich die Frage stellen, ob nicht ein abgerundetes makedonisches Reich im östlichen Mittelmeerraum längeren Bestand gehabt hätte; daher kommt der Entscheidung vor Tyros, eben dies nicht anzustreben, eine durchaus nicht unbedeutende Rolle in der Geschichte zu. Alexander zog nun weiter südwärts und stieß in Gaza auf die nächste Stadt, die ihm Widerstand leistete. Auch hier dauerte die Belagerung drei Monate und endete mit der Ermordung der gesamten männlichen Bevölkerung. Den persischen Kommandanten der Stadt, einen Mann namens Batis, ließ Alexander lebend an einen Streitwagen binden und zu Tode schleifen, eine Imitation des Verhaltens des Achills vor Troja.

Ägypten war für Alexander eine leichte Beute. Schon in Pelusion (heute Port Said) kam ihm der persische Satrap Mazakes entgegen und erklärte die Kapitulation. Es gab nun keine militärischen Gründe mehr, die Armee nach Ägypten zu führen, wohl aber symbolische. Die Makedonen zogen nach Heliopolis, wo Alexander sich zum Pharao von Ägypten und zum Sohn des Amun-Re ausrufen ließ. Von hier aus ging Alexander weiter nach Memphis. Antike Quellen berichten, dass die Makedonier überall auf ihrem Weg als Befreier gefeiert worden seien. Es ist gut möglich, dass dem tatsächlich so war, denn Ägypten hatte erst elf Jahre zuvor seine Unabhängigkeit an Persien verloren. Um die Ägypter für sich zu gewinnen, ließ Alexander fast alle Regierungsposten mit Einheimischen besetzen. Alexander zog am Nil entlang nordwärts und gründete im Januar 331 v. Chr. an der Mittelmeerküste ein weiteres Alexandria, die bedeutendste all seiner Stadtgründungen. Im März zog Alexander 400 km westwärts durch die Wüste zum Orakel von Siwa, welches dem Gott Amun geweiht war. Was er dort an Botschaften empfing, ist unbekannt. Antike Quellen berichten, Alexander habe dort erfahren, dass er der Sohn des Zeus sei; so soll ihn der oberste Priester als "Sohn des Zeus" begrüßt haben. In Wahrheit allerdings hatte Alexander sich schon vorher als Sohn des Zeus bezeichnet. Von Siwa kehrte Alexander nach Memphis zurück, verweilte dort einige Wochen und führte seine Truppen dann zurück nach Palästina.

Im Jahre 336 v. Chr. folgte der zwanzigjährige Alexander seinem Vater auf den Thron. Dass es keinen nennenswerten Widerstand gab, ist offenbar Antipater zu verdanken, der das Heer dazu bewegte, Alexander als König anzuerkennen. Schon in den ersten Tagen ließ er Mitglieder des Hofstaats exekutieren, die das Gerücht streuten, Alexander habe etwas mit der Ermordung seines Vaters zu tun gehabt. Als nächstes wandte er sich seinem Erzfeind Attalos zu, der sich auf der Flucht befand, jedoch von seinem Verwandten (Stiefvater) Parmenion getötet wurde. Sowohl Antipater als auch Parmenion standen wegen ihrer Taten lange in Alexanders besonderer Gunst. Alexander zog ostwärts durch Syrien und überquerte den Euphrat. Sein Plan mag gewesen sein, von hier aus südwärts nach Babylon zu ziehen, doch eine Armee unter dem persischen Satrapen Mazaeus verstellte den Weg. Alexander vermied die Schlacht, die ihn viele Männer gekostet hätte, und zog stattdessen nordwärts. Derweil zog Dareios selbst eine neue große Streitmacht in Assyrien zusammen, und dieses Heer war es, das Alexander treffen wollte. Im September 331 v. Chr. überquerte das Heer den Tigris.

Am 20. September, unmittelbar vor der Schlacht, kam es zu einer Mondfinsternis, die die Perser verunsicherte und von ihnen als schlechtes Omen gedeutet wurde. Das Heer Alexanders lagerte 11 km von der persischen Armee entfernt bei einem Dorf namens Gaugamela, weshalb die folgende Schlacht als Schlacht von Gaugamela bekannt wurde. Am 1. Oktober kam es zum Kampf. Auch wenn das Heer des Dareios an Zahl weit überlegen war, siegte wieder Alexander; er vermochte aber nicht Dareios zu töten oder gefangen zu nehmen. Obwohl der König wieder entkommen war, war seine Armee praktisch vernichtet. Alexander hatte nun die Herrschaft über die Satrapie Babylonien gewonnen und konnte ungehindert ins reiche Babylon einziehen. Mazaeus, der sich nach der Schlacht von Gaugamela nach Babylon zurückgezogen hatte, übergab die Stadt an Alexander, der sie durch das Ischtar-Tor betrat und sich zum "König von Asien" ausrufen ließ.

Während die Griechen die Völker Asiens zuvor als Barbaren verachtet hatten, sah Alexander sie mit anderen Augen. Fasziniert von der Pracht Babylons befahl er die Schonung aller Bauwerke. Alexander verzieh dem persischen Satrapen Mazaeus und ernannte ihn sogar zu seinem Statthalter in Babylon. Nach fünfwöchigem Aufenthalt zog Alexander weiter ostwärts, um die großen persischen Städte im Kernland anzugreifen. Susa ergab sich kampflos. Im Januar 330 v. Chr. erreichten die Makedonen die persische Hauptstadt Persepolis. Zahlreiche Einwohner begingen vor seinem Einzug Selbstmord oder flohen. Die ältere Meinung, Alexander habe die Stadt plündern und den Königspalast niederbrennen lassen, ist inzwischen von der jüngeren Quellenkritik relativiert worden. Archäologische Funde bestätigen, dass lediglich die Gebäude, die Xerxes I. errichtet hatte, brannten, was die Darstellung Arrians wahrscheinlicher macht.

Zwar war Persien nun in Alexanders Hand, doch König Dareios III. war noch immer am Leben und auf der Flucht. Da Alexander mitgeteilt worden war, dass Dareios sich in Medien aufhalte, folgte er seiner Spur im Juni nach Nordwesten nach Ekbatana. Doch auch die Anhängerschaft Dareios' sah jetzt keine Hoffnung mehr, Persien zurückzugewinnen. Die Vollkommenheit der Niederlage ließ nur die Möglichkeit zu, sich zu ergeben oder zeitlebens zusammen mit Dareios zu fliehen. Bisthanes, ein Mitglied der Königsfamilie, entschied sich in Ekbatana zu bleiben, wo er Alexander empfing und ihm die Stadt übergab. Alexander zeigte sich wiederum großzügig und ernannte einen Perser zu seinem Statthalter in Medien. In Ekbatana entließ Alexander auch die griechischen Verbündeten und die thessalischen Reiter, was als Zeichen zu verstehen war, dass der vom Korinthischen Bund beschlossene "Rachefeldzug" damit beendet war. Teile des Bundesheeres wurden jedoch von Alexander als Söldner angeworben. Dareios setzte inzwischen seine Flucht fort. Er hoffte, Unterschlupf in Baktrien zu erlangen, wo ein Verwandter namens Bessos Satrap war. Bessos aber setzte Dareios gefangen und schickte einen Unterhändler zu Alexander. Er bot ihm an, Dareios an die Makedonen zu übergeben, wenn im Gegenzug Baktrien frei bliebe. Alexander ging nicht auf die Verhandlungen ein und setzte die Verfolgung fort. Bessos tötete seine Geisel im Juli und floh seinerseits. Die Leiche des Dareios wurde von Alexander nach Persepolis gebracht und dort feierlich beigesetzt. Die Verfolgung des Bessos (330–329 v. Chr.)

In der Zwischenzeit hatte Alexander erkannt, dass er zur Sicherung der Herrschaft über das Perserreich die Unterstützung der persischen Adligen brauchte. Er nutzte Dareios' Ermordung daher, die Perser zu einem Rachezug gegen Bessos aufzurufen, der sich nun den Namen Artaxerxes IV. gegeben hatte und sich Großkönig von Persien nannte. Die Soldaten waren wenig begeistert davon, dass sie den Tod ihres Erzfeindes vergelten und zudem gemeinsam mit Persern kämpfen sollten. Außerdem war ihnen das Land im Nordosten vollkommen unbekannt. Die dortigen Provinzen Baktrien und Sogdien lagen in etwa auf den Territorien der heutigen Staaten Afghanistan, Usbekistan und Turkmenistan.

Im August 330 v. Chr. brach Alexander zu einem neuen Feldzug auf und eroberte zunächst Hyrkanien, die persische Satrapie an der Südküste des Kaspischen Meeres. Unter jenen, die mit Alexander kämpften, war Oxyartes, ein Bruder des Dareios. Statt von Hyrkanien den direkten Weg nach Baktrien zu wählen, ging Alexander über Aria, dessen Satrap Satibarzanes an der Gefangennahme Dareios' beteiligt gewesen war. Alexander eroberte die Hauptstadt Artacoana, verkaufte die Einwohner in die Sklaverei und benannte die Stadt in Alexandreia um; der heutige Name der Stadt ist Herat.

Auf seinem weiteren Weg kam es zu einem Zwischenfall, als Philotas, der Sohn des Parmenion, beschuldigt wurde, einen Anschlag auf Alexanders Leben unternommen zu haben. Ob dieser Versuch wirklich unternommen worden war, ist unklar. Vielleicht diente die Affäre Alexander bloß als Vorwand, sich Parmenions zu entledigen, der zum Wortführer seiner Kritiker avanciert war. Alexanders Neigung, die Perser zu ehren und sogar ihre Gewänder zu tragen, wurde von vielen Griechen als Anbiederung an ein barbarisches Volk angesehen. Philotas wurde an Ort und Stelle mit einem Speer getötet. Ein Kurier wurde dann zu den Adjutanten des Parmenion gesandt, der in Ekbatana geblieben war. Diese führten Alexanders Befehl aus, Parmenion zu töten.

Nach beschwerlicher Reise entlang des Flusses Tarnak erreichte Alexander im April 329 das Zentrum des heutigen Afghanistan und gründete Alexandria am Hindukusch (heute Chârikâr). Von hier wollte Alexander das Gebirge überschreiten und auf diesem Wege in Baktrien einfallen. Einer Legende zufolge fand man hier den Berg, an den der Titan Prometheus gekettet worden war. Als Nachricht nach Baktrien gelangte, dass Alexander dabei war, den Hindukusch zu übersteigen, fürchteten die Einwohner von Baktra (heute Balch) die Bestrafung ihrer Stadt und vertrieben Bessos. Die beschwerliche Überquerung des Gebirges hatte die Soldaten indessen gezwungen, manche ihrer Lasttiere zu essen. Erschöpft kamen sie in Baktrien an, das ihnen kampflos übergeben wurde. Alexander ernannte seinen persischen Vertrauten Artabazos, den Vater der Barsine, zum Satrapen.